باب اسفنجی و پاتریک به یک مأموریت برای نجات گری، که توسط پوزئیدون «دزدیده» شده‌است، می‌روند و آنها به شهر گمشده آتلانتیس سفر می‌کنند. این فیلم همچنین برای اولین بار منشأ دیدار باب اسفنجی با گری را فاش می‌کند.

داستان فیلم درباره ی پسری به نام پیتر است که از اینکه باید اتاقی که عاشقش است را با پدربزرگش شریک شود ناراحت است. او تصمیم می گیرد که با این کار مخالفت کند و سعی کند این کار انجام نگیرد. اما…

"فرد" يك نوازنده ي موزيك است كه بايد در مراسم عيد پاك به همراه يك گروه موسيقي به اجراي موزيك بپردازد.اما در يك تصادف رانندگي دچار سانحه مي شود و مجروح مي شود.حالا خرگوش خانگي او به همراه دوست جوجه اش به فرد كمك مي كنند تا زودتر بهبود پيدا كند.اما "فرد" نميتواند تا زمان اجراي مراسم خوب شود. بنابراين خرگوش و دوست كوچكش نقشه اي تازه مي كشند.

ترانه سرای ناموفقی به نام دیوید سویل ، طی حوادثی عجیب و پس از آشنایی با سه سنجاب آوازخوان: به نام های آلوین ، سایمن و تیودور به موفقیت زیادی می رسد و ماجراهای تازه و جالبی برایش پیش می آید…